Tout au long de la saison, Alex ne réussira pas à monter de nouveau sur le podium, mais se classe 4ème à cinq reprises. Il se montre le plus rapide sur un tour en Argentine, mais restera surtout la course monégasque, avec une belle bataille face à Michael Schumacher pour la 3ème place, mais une collision entre les deux pilotes mettra fin à cette belle course d'Alex. La deuxième partie de saison de l'équipe Benetton se passe mal, les monoplaces ne décollent pas du milieu de grille. Au final, Wurz s'est montré parfois opportuniste, mais il finit derrière son équipier Fisichella.

La Benetton B199, annoncée comme étant la base du retour de Benetton au premier plan, n'est pas à la hauteur et Alex passera ses week-ends dans le ventre mou de peloton. Il ne rentrera dans les points qu'à deux reprises, à Monaco et lors de son GP national. Pire, cette saison-là, Fisichella semble avoir franchement le dessus sur lui...

Wurz n'est plus que le fantôme du pilote prometteur qu'il était encore deux ans plus tôt. Alors que Fisichella se bat régulièrement pour entrer dans les points, il se démène en fond de plateau. En Allemagne, il se qualifie brillant septième, avant d'abandonner sur casse de boîte de vitesse... Il devra attendre le chaotique GP d'Italie pour inscrire ses deux seuls points de la saison avec une chanceuse cinquième place.

Pilote essayeur McLaren. il remplace Juan Pablo Montoya blessé pour la course de San-Marin et grâce à la disqualification des BAR, termine en 3ème position. C'est son second podium en F1, 8 ans après le premier ! A la fin de cette saison, Alexander rejoint l'écurie Williams-Cosworth comme troisième pilote.

Après une bonne saison 2006 en tant qu'essayeur, Frank Williams décide de le titulariser aux cotés de Nico Rosberg pour 2007. Wurz retrouve donc une place de titulaire en F1, après sept années de "placard". Hélas, ce come-back se révèlera désastreux. Pourtant, la Williams-Toyota FW29 n'est pas une mauvaise voiture, mais Wurz va se faire atomiser par son jeune et brillant équipier. Ainsi, alors que Rosberg se qualifie régulièrement dans les dix premiers, Alex peine à dépasser la quinzième place. En course, il est absolument transparent. Pourtant, à deux reprises l'Autrichien va faire parler son expérience. D'abord à Montréal où dans un Grand Prix chaotique, il réussit à éviter les nombreux accidents pour terminer troisième et offrir ainsi son premier podium à Williams depuis deux ans. Enfin au Nürburgring où, avec des conditions météorologiques changeantes, il arrache une superbe quatrième place. Mais à part cela, le vide total. Ainsi, ses chances de retrouver un volant en 2008 étant nulles, Wurz décide à l'issue de l'avant-dernière course en Chine de prendre sa retraite avec effet immédiat.