Saison décevante. Jenson Button finit le championnat à la 14ème place avec 6 petits points (la totalité de ceux de son équipe, Barrichello accrochant le premier 0 pointé de sa carrière). Il ne se qualifiera que 4 fois en "Q3", difficile dès lors d'espérer quoi que ce soit en course au vu de la fiabilité acquise par toutes les équipes.

Button est encore chez Honda en 2008, espérant des jours meilleurs sous l'égide d'un nouveau patron, le très expérimenté Ross Brawn. Hélas, ce n'est absolument pas le cas. Comme sa devancière, la RA108 est complétement ratée et Button, comme Barrichello, retrouve les fonds de grille. Jenson ne marque en tout et pour tout que trois points cette saison-là, avec une sixième place en Espagne. Pire, contrairement à ce qui s'était passé en 2007, Barrichello s'en sort mieux que son équipier et le devance au classement final.

Après cette saison désastreuse, Honda décide de se retirer de la Formule 1, officiellement en raison de la crise économique. La poursuite de la carrière de Jenson dépend alors d'un éventuel rachat de l'équipe de Ross Brawn. C'est ce qu'il advient début 2009: une solution interne est trouvée et l'écurie est rebaptisée Brawn GP. Button, comme Barrichello, est confirmé à son poste.

Lors des essais d'avant-saison, les Brawn propulsées par un V8 Mercedes se révèlent très compétitives, au grand étonnement des autres équipes. Ces dernières considèrent que ces performances surprenantes sont le fait d'un diffuseur arrière "miracle" jugé illégal. Toujours est-il que les Brawn dominent la première course en Australie. Parti en pole, Button remporte facilement la deuxième victoire de sa carrière devant Barrichello et prend la tête du championnat. Une semaine plus tard en Malaisie, Jenson signe une nouvelle pôle et est en tête lorsque la course est interrompue à cause de la pluie. Il est déclaré vainqueur, mais ne marque que la moitié des points car la course n'est pas allée au-delà des trois quarts des tours prévus. Qu'importe car la démonstration est faite : la Brawn est bien la meilleure monoplace du plateau. En Chine, Button et son équipe tombent toutefois sur un premier os : les Red-Bull-Renault de Vettel et de Webber qui signent le doublé tandis que Button sauve la troisième place. Les monoplaces anglo-autrichiennes vont être les principales rivales des Brawn cette saison-là.
S'en suit une superbe série de quatre succès consécutifs pour le Britannique. La Brawn écrase véritablement la concurrence en ce printemps 2009, et Button en profite parfaitement. Il gagne à Bahreïn alors qu'il ne partait que quatrième, puis l'emporte facilement en Espagne et à Monaco devant Barrichello. En Turquie, Vettel signe la pôle, mais une erreur du jeune Allemand dans le premier tour permet à Button de prendre la tête et de filer vers sa sixième victoire en sept courses. Le titre de champion du monde lui semble alors à portée de main.
Mais l'été va marquer le début de la baisse de régime des Brawn et la montée en puissance des Red-Bull. Lors de sa course domicile à Silverstone, Jenson rêve d'une victoire mais ne finit que sixième. Sa voiture perd beaucoup de terrain et les résultats s'en ressentent : cinquième en Allemagne, septième en Hongrie. Fin août, la Brawn reprend quelque peu du poil de la bête, mais c'est désormais Barrichello qui en profite. Le GP de Valence illustre bien cet état de fait : le Brésilien l'emporte tandis que son équipier est piètre septième. A Spa, Button connaît même son premier score vierge de la saison en étant percuté par Grosjean dès le départ. La situation commence à être difficile pour lui. S'il est toujours en tête du championnat, Barrichello est revenu à seize points, Vettel à dix-neuf. Les détracteurs du Britannique s'en donnent à cœur joie, raillant son pilotage d'épicier et son incapacité à gagner dès lors que sa machine n'est plus ultra-dominatrice. En Italie, il retrouve enfin le chemin du podium en finissant deuxième derrière Barrichello. Les deux coéquipiers ne vont désormais plus se lâcher : à Singapour, Barrichello occupe une bonne cinquième place devant Jenson, mais ce dernier va lui chiper cette position grâce à un arrêt complètement décalé en fin de course. A Suzuka, perdus dans le peloton, les deux hommes se battent comme des chiffonniers pour les deux points de la septième place, au profit final de Barrichello.
Lorsqu'il arrive au Brésil, avant-dernier Grand Prix de l'année, Jenson Button compte quatorze points d'avance sur Barrichello et seize sur Vettel. Il peut donc remporter le titre à l'issue de cette épreuve, mais sa grande fragilité n'en fait pas un favori. Les essais qualificatifs sont d'ailleurs catastrophiques puisqu'il se qualifie quatorzième tandis que « Rubinho » est en pôle. Mais en course, il va faire taire tous ses détracteurs. Accusé de passivité lors des dernières courses, Jenson se bat comme un beau diable pour remonter vers la tête et multiplie les dépassements. Il revient finalement jusqu'à la cinquième place, devant Barrichello qui a connu une crevaison. Il devient ainsi à 29 ans le dixième champion du monde britannique de l'histoire. C'est aussi et surtout une superbe revanche après les années très délicates qu'il a connues avec cette équipe Brawn, ex-Honda, ex-BAR, qui décroche en même temps le titre des constructeurs. Il finit enfin l'année en beauté par une troisième place à Abou Dhabi.