Fernando Alonso, muni de son N°1 et de ses deux titres de champion du monde, rejoint l'écurie McLaren. Les flèches d'argent ont retrouvé leur superbe. De la vitesse certes, mais également une fiabilité qui faisait défaut à l'équipe depuis des années. Dès la deuxième course de la saison, Fernando remporte le GP de Malaisie devant son coéquipier Lewis Hamilton malgré les Ferrari qui partaient favorites, après l'exploit de Kimi Räikkönen à Melbourne. C'est le premier doublé de l'écurie McLaren depuis 2005, il y en aura deux autre, à Monaco et à Monza dans le fief de Ferrari, et l'Espagnol vainqueur reprendra la tête du championnat grâce à sa 2e victoire en Principauté, devant son coéquipier Lewis Hamilton qui malgré son jeune âge ne s'en laissera pas compter et la reprendra dans les courses à venir et creusera même un écart qui culminera à 14 points après le Grand Prix de France. La réaction ne tardera pas, et deux courses plus tard, avec entre-autres une 3e victoire au Nürburgring en poche grâce à son adresse sous la pluie, l'Espagnol était revenu à deux points de son équipier.

Les succès de son jeune coéquipier Lewis Hamilton — trois victoires, dix podiums et leader du championnat après onze courses — ont placé Fernando Alonso dans une position inconfortable au sein de l'écurie. La tension, qui était palpable entre les deux pilotes McLaren depuis quelque temps, s'est transformée en véritable guerre ouverte à l'occasion du GP de Hongrie. Lors des qualifications, alors qu'il allait quitter les stands pour s’élancer pour son dernier tour, le double champion du monde retardait (volontairement ?) son départ de quelques secondes, bloquer ainsi son propre coéquipier et l'empêchant d'effectuer un dernier tour chronométré, tandis que lui-même allait cueillir la pôle position. La FIA jugea ce comportement antisportif et ne manqua pas de sanctionner Alonso en rétrogradant le pilote espagnol, qui avait pourtant réalisé le meilleur temps, en sixième position sur la grille de départ.

Lors du Grand Prix du Japon, disputé sur le circuit du Mont Fuji sous une pluie battante, Fernando compromet sérieusement ses chances de remporter un troisième titre mondial consécutif. Il est, pour la première fois de la saison, contraint à l'abandon — suite à un accident — et voit son coéquipier et rival Lewis Hamilton remporter sa quatrième victoire de la saison et prendre le large au classement du championnat du monde. À deux courses de la fin, Fernando compte 12 points de retard sur Hamilton. Le Grand-Prix de Chine aurait pu voir ses derniers espoirs de titre s'envoler en fumée au profit de son coéquipier. Hamilton, parti de la pole, mène en effet la course sur un train d'enfer, sous la pluie chinoise, lorsqu'il se retrouve soudain en délicatesse avec ses pneus ; McLaren tarde à le rappeler pour les changer et l'Anglais, glissant lors de son freinage pour rentrer aux stands, sort dans les graviers et ne parvient pas à repartir. Tous bénéfices pour Alonso, qui, en finissant deuxième derrière Kimi Räikkönen après s'être débarassé de Felipe Massa, revient à seulement quatre points de son coéquipier avant la manche finale, au Brésil.

Mais au Brésil, s'il parvient, grâce à la fébrilité et aux ennuis mécaniques de Lewis Hamilton, à revenir à la hauteur de ce dernier au classement, il ne peut empêcher faute d'une voiture suffisamment rapide le sacre de Champion du Monde de Kimi Räikkönen.

Fernando Alonso termine donc troisième du Championnat du monde à un point du vainqueur.